Η Μ.Κ.Ο. Ιωάννης Καποδίστριας είναι οργανωμένη σε τομείς για την καλύτερη έρευνα και μελέτη 

των Ευρωπαϊκών και Διεθνών θεμάτων, όπως επίσης και των γεγονότων και των καταστάσεων 

που αφορούν τη Νεολαία και τον Εθελοντισμό.

-Τομέας Ευρωπαϊκών θεμάτων και Δικαίου
-Τομέας Διεθνών Σχέσεων και Διπλωματίας
-Τομέας Περιβάλλοντος , Ενέργειας και Κλιματικής Αλλαγής
-Τομέας Κοινωνίας των Πολιτών
-Τομέας Διεθνούς Πολιτικής Οικονομίας
-Τομέας Πολιτιστικών Δράσεων