H Μη Κυβερνητική Οργάνωση Ιωάννης Καποδίστριας , από την ίδρυση της επιδίωξε και πέτυχε   να συνεργαστεί με ακαδημαϊκά ιδρύματα και ινστιτούτα καθώς και με τα ευρωπαϊκά θεσμικά όργανα προκειμένου να προάγει τις ιδέες της και τις αρχές της.Σκοπός μας είναι η συνεχής εκπαίδευση, έρευνα  και συνεργασία με αυτούς τους φορείς προκειμένου να προσφέρουμε στην ακαδημαϊκή κοινότητα της χώρας: